Tiếp sau đó là sự tranh giành giữa các thuộc hạ hùng mạnh nhất của Nobunaga để báo thù cho chủ và sau đó thiết lập địa vị thống trị bằng cách thương thuyết tái tổ chức lại gia tộc Oda. Tình hình ngày càng trở nên gay cấn khi họ biết rằng con trưởng và người thừa kế của Nobunaga là Nobutada bị giết, khiến cho nhà Oda không còn người thừa kế chắc chắn nữa.

Nhanh chóng ký hòa ước với gia tộc Mori trước khi họ kịp biết đến cái chết của Nobunaga, Hideyoshi đưa quân đội của mình hành quân thẳng đến kẻ thù của mình và tiêu diệt hắn ở trận Yamazaki, chưa đến hai tuần sau.

Mặc dù là một người bình dân đi lên từ lính trơn, Hideyoshi nay ở vị trí thách thức hầu hết những thuộc hạ của nhà Oda, và đề xuất đứa con còn thơ bé của Nobutada, Sanpōshi (sau này là Oda Hidenobu), được đặt làm người kế vị thay vì con thứ ba của Nobunaga là Nobutaka, người được Shibata Katsuie phò trợ. Đã có được sự ủng hộ của vài thuộc hạ cao cấp khác, bao gồm Niwa Nagahide và Ikeda Itsuoki, Sanpōshi được làm người thừa kế và Hideyoshi nhận nhiệm vụ Nhiếp chính.

Tuy vậy, các âm mưu chính trị tiếp diễn cuối cùng dẫn đến sự đối đầu. Sau khi đánh bại Shibata trong trận Shizugatake năm 1583 và chịu tổn thất lớn nhưng vẫn có lợi thế với Tokugawa Ieyasu ở trận Komaki và Nagakute năm 1584, Hideyoshi đã ổn định được việc kế vị, và hoàn toàn nắm quyền kiểm soát ở Kyoto, và trở thành người thống trị không thể bàn cãi được trên các lãnh địa cũ của nhà Oda. Ông được gia tộc Fujiwara nhận làm con nuôi, và lấy họ là Toyotomi, được phong tước Kanpaku kiểm soát toàn bộ mọi việc dân sự và quân sự ở Nhật Bản. Năm sau đó, ông thắt chặt liên minh với 9 đại danh hùng mạnh và phát động cuộc chiến thống nhất Shikoku và Kyūshū. Năm 1590, dẫn đầu đạo quân 200.000 người, Hideyoshi đánh bại nhà Hōjō, kẻ thù ghê gớm cuối cùng ở phía Đông Honshū trong cuộc vây hãm Odawara. Các đại danh còn lại nhanh chóng đầu hàng, và việc tái thống nhất Nhật Bản bằng vũ trang đã hoàn tất.